Поскольку для военнослужащих увольнение по собственному желанию не предусмотрено. то скорее всего Вас уволят по несоблюдению с Вашей стороны условий контракта. Согласно п. 7 ст. 35 ФЗ О воинской обязанности и военной службе: "Граждане, отчисленные из военных образовательных учреждений ..., а также граждане, окончившие указанные образовательные учреждения и уволенные с военной службы ранее срока, установленного контрактом о прохождении военной службы, по основаниям, предусмотренным подпунктами "д", "е" и "з" пункта 1, подпунктами "в" и "д" пункта 2 статьи 51 настоящего Федерального закона, возмещают средства федерального бюджета, затраченные на их военную или специальную подготовку." (п. 7 введен Федеральным законом от 06.07.2006 N 103-ФЗ)
Лучший способ защиты - это нападение, а потому предъявление в суд иска о нарушении со стороны минобороны условий контракта позволит вам уволиться по пп "а" п. 3 ст. 51 ФЗ О воинской обязанности и военной службе, что приравнивается к увольнению по ОШМ, и не несет последствия взыскания денег за обучение. А денежное довольствие Вам в сложившихся условиях должны выплачивать до 3-х месяцев.